没收违法建筑物的程序通常包括以下几个步骤：
现场勘验与违法性认定
行政机关对疑似违法建筑进行现场调查询问和勘验。
制作笔录、拍摄照片、进行测绘，收集相关审批材料和其他证据。
作出处罚决定
确认建筑违法后，根据相关法规作出责令限期拆除决定书。
对于符合土地利用总体规划的违法建筑，可没收并在合法土地上重建。
执行程序
当事人应在规定期限内自动腾空违法建筑。
若未按时腾空，行政机关将发出腾房通知书，逾期将申请法院强制执行。
移交没收建筑
行政机关应将没收的建筑物移交给财政部门处理。
移交时需提供详细的移交清单和相关法律文书。
建筑物处置
没收的建筑物按照国家规定进行公开拍卖或其他处理方式。
所得款项必须上缴国库，不得私吞。
法律程序
如果《土地管理法》未明确规定执行权力，国土资源部门应依法申请法院受理并由法院裁定执行。
法院在审查后作出执行裁定，并交由执行机构执行。
听证与申诉
对于没收处罚，行政机关应组织听证。
当事人有权在接到决定书后申请行政复议或提起行政诉讼。
退赔程序
如没收建筑物需要退赔，应按照《国家赔偿法》等相关法律法规进行退赔。
以上步骤需遵循相关法律规定，确保程序的合法性和透明性。需要注意的是，具体程序可能因地区和具体情况而有所不同，请以当地法律法规为准