土地增值税是对土地使用权转让及销售建筑物时所产生的价格增值部分征收的税种。计算土地增值税的基本步骤如下：
1. 确定增值额：
增值额 = 转让收入 - 扣除项目金额
2. 确定扣除项目金额：
扣除项目金额通常包括：
取得土地使用权所支付的金额
房地产开发成本
房地产开发费用
转让环节缴纳的相关税费
加计扣除（如适用）
3. 确定增值率：
增值率 = 增值额 ÷ 扣除项目金额 × 100%
4. 应用土地增值税率计算税额：
根据增值率，在相应的税率档次下计算税额。中国土地增值税采用四级超额累进税率。
示例计算：
假设某房地产开发企业出售一幢写字楼，收入总额为10000万元，相关支出如下：
地价款及各种费用：1000万元
房地产开发成本：3000万元
利息支出：500万元（其中50万元属罚息）
相关税费：555万元
其他房地产开发费用计算扣除比例：5%
加计扣除：20%
步骤1：计算扣除项目金额
允许扣除的税费：555万元
允许扣除的房地产开发费用：
\[
\begin{align*}
&500 - 50 + （1000 + 3000） \times 5\% \\
=&450 + 400 \times 5\% \\
=&450 + 20 \\
=&470 \text{万元}
\end{align*}
\]
允许扣除的项目金额合计：
\[
\begin{align*}
&1000 + 3000 + 470 + 555 + （1000 + 3000） \times 20\% \\
=&4470 + 800 \\
=&5270 \text{万元}
\end{align*}
\]
步骤2：计算增值额
增值额 = 收入总额 - 扣除项目金额合计
增值额 = 10000 - 5270 = 4730万元
步骤3：确定增值率
增值率 = 增值额 ÷ 扣除项目金额合计 × 100%
增值率 = 4730 ÷ 5270 × 100% ≈ 90.13%
步骤4：应用土地增值税率计算税额
根据增值率90.13%，适用税率为40%，速算扣除系数为5%：
土地增值税额 = 增值额 × 税率 - 速算扣除系数 × 扣除项目金额合计
土地增值税额 = 4730 × 40% - 5% × 5270
土地增值税额 = 1892 - 263.5 = 1628.5万元
因此，该房地产开发企业应缴纳的土地增值税为1628.5万元