会计科目编号是用于 按会计科目表中科目分类排列次序编列的号码。一个良好的会计科目编号系统可以系统清晰、准确显示会计科目的内容、性质与意义，有利于会计人员的记忆与运用。会计科目编号的规则如下：
一级会计科目的编号
一般采用四位纯数字表示。
第一位数字表示会计科目的类别，其中：
1表示资产类
2表示负债类
3表示所有者权益类
4表示成本类
5表示损益类
第二位数字（即百位）可以划分大类下面的小类；剩余两码为流水号。
在第一位数字主要类别之下，业务性质相同的会计科目都以同样的号码为第二位数字，在相同业务性质的会计科目下，再以第三位依次排列各个会计科目。
第二位小类的排列顺序：
资产类下面的小类按照变现能力大小排序
负债类下面的小类按照流动性大小排序
所有者权益类下面的小类按照转化为资本的能力大小排序
为便于会计科目的增减，一般情况下，编码要考虑到未来的扩展性，在编码间，留有一定的间隔。
二级会计科目的编号
一般采用六位编码，其中前四位为一级科目的代码，后两位为流水号。
例如：银行存款（编码为1002）下根据银行的不同，设置多个二级别科目，诸如“中国建设银行”、“中国工商银行”、“中国农业银行”等等，则可分别编码为：100201中国建设银行、100202中国工商银行、100203中国农业银行。
编号的格式
会计科目的编号是以数字、文字、字母和横线以及圈点等格式进行编制的。
编号的每一“数码”须使其具有意义，藉以显示类、项、科、子目的区别，及各科目彼此间的关节联系，以达到类、项、科、子目分类层次分明，系统清晰，准确显示会计科目的内容、性质与意义，以及便于记忆与运用的要求。
通过以上规则，会计科目编号能够清晰地表示出会计科目的类别及其在类别中的位置，便于编制会计凭证、登记账簿、查阅账目和实行会计电算化。