小规模纳税人在开具增值税专用发票（专票）和普通发票（普票）时存在以下主要区别：
开具方式
普票：在完税凭证管理系统注册并登录后开具。
专票：通过增值税发票管理系统开具。
票面内容
普票：通常印有“普通发票”字样，注明纳税人名称、纳税人识别号等信息。
专票：印有“增值税专用发票”字样，需要注明税收分类编码、税率等详细信息。
税率
普票：税率通常为3%。
专票：税率根据具体情况而定，可能包括13%、9%、6%等。
税额核算
普票：采用计算法核算税额，即税额=不含税金额×税率。
专票：采用比例法核算税额，即税额=不含税金额×税率。
发票使用
普票：不能用作税务抵扣凭证，只能作为收入证明。
专票：可作为税务抵扣凭证，购货方符合抵扣条件时，进项税额可以抵扣。
开票时间
普票：通常在收到税款后开具，开票时间可能拖延至2周左右。
专票：一般在当天开具，2天内可以完成开票。
免税待遇
普票：小规模纳税人月销售额不超过10万元（季度申报不超过30万元）可免征增值税，但需开具普票。
专票：无论销售额多少，开具专票都需要缴纳增值税。
联次
普票：通常有两联，即发票联和记账联。
专票：通常有三联，包括扣税联。
安全级别
普票：通常不使用安全技术，存在冒用、窜货等风险。
专票：可使用安全技术，如防伪、防窜货，确保税收。
金额要求
普票：对开具发票金额没有特定要求。
专票：对每一笔开具发票金额有特定要求，需达到一定金额整数倍。
需要注意的是，小规模纳税人通常只能开具普通发票，只有在特定情况下（如向一般纳税人销售货物或应税劳务，且购货方要求提供专票时），税务机关才可代开增值税专用发票