名侦探柯南中与黑暗组织有关的集数非常多，以下是一些主要的集数：
第1集：
云霄飞车杀人事件
第13集：
奇怪的寻亲杀人事件
第54集：
电玩公司杀人事件
第128集：
黑暗组织10亿元抢劫事件
第129集：
来自黑暗组织的女子
第176集：
与黑暗组织的再会（灰原篇）
第177集：
与黑暗组织的再会（柯南篇）
第178集：
与黑暗组织的再会（解决篇）
第226集：
格斗游戏的陷阱（上集FBI）
第227集：
格斗游戏的陷阱（下集FBI）
第230集：
迷一样的乘客（前篇）
第231集：
迷一样的乘客（后篇）
第272集：
急忙掩饰的忽略（后篇）
第286集：
幽灵屋的真相
第287集：
工藤新一纽约事件（事件篇）
第288集：
工藤新一纽约事件（推理篇）
第289集：
光彦森林迷失记（前篇）
第290集：
光彦森林迷失记（后篇）
第307集：
遗留的无声证言
第308集：
遗留的无声证言
第309集：
与黑衣组织的接触（交涉篇）
第310集：
与黑衣组织的接触（追击篇）
第311集：
与黑衣组织的接触（决死篇）
第340集：
厕所隐藏的秘密（前篇）
第341集：
厕所隐藏的秘密（后篇）
第345集：
与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案
第404集：
黑暗组织的冲击!
第425集：
黑暗组织的冲击!
第452集：
黑暗组织的冲击!
第453集：
黑暗组织的冲击!
31. 第484集：黑暗组织的冲击!
32. 第491集：黑暗组织的冲击!
33. 第492集：黑暗组织的冲击!
34. 第504集：黑暗组织的冲击!
35. 第505集：黑暗组织的冲击!
36. 第515集：黑暗组织的冲击!
37. 第516集：黑暗组织的冲击!
38. 第544集：黑暗组织的冲击!
39. 第545集：黑暗组织的冲击!
40. 第574集：黑暗组织的冲击!
41. 第575集：黑暗组织的冲击!
42. 第623集：黑暗组织的冲击!
43. 第624集：黑暗组织的冲击!
44. 第671集：黑暗组织的冲击!
45. 第672集：黑暗组织的