飞碟的飞行原理至今没有定论，但有几种流行的理论和推测：
反重力原理
飞碟可能利用某种技术产生与引力相反的力，通过操纵时空结构，使自身不受地球引力束缚，实现自由飞行，且能轻松悬停和快速升降。但目前人类尚未找到实际产生反重力的方法和物质。
电磁推进原理
飞碟可通过强大的电磁装置，产生超强电磁场，与地球磁场相互作用，利用电磁力推动飞行，还能通过调节电磁场强度和方向来控制飞行姿态和速度。一些不明飞行物目击报告中，常提到飞碟出现时伴有电磁异常现象，如周围电器设备失灵等，这为该理论提供了一定的想象依据。
空间扭曲原理
基于爱因斯坦的相对论，时空是可以被扭曲的。有假设认为飞碟或许能利用巨大的能量使周围空间发生扭曲，形成一种类似“时空隧道”的结构，让飞碟在扭曲的空间中以远超常规的速度移动，即实现所谓的“超光速”飞行。这种方式并非真正超越了光速，而是通过缩短空间距离来实现快速星际旅行，但这需要难以想象的巨大能量和对空间操控技术的极高要求。
量子力学原理
量子力学中有量子纠缠等奇特现象，即两个或多个量子之间存在一种特殊的关联，无论距离多远，对一个量子的操作会瞬间影响到另一个量子。有理论认为飞碟可能利用量子纠缠现象实现瞬间移动或超光速飞行。
反物质能量利用
反物质是一种特殊的物质，当它与正物质相遇时会发生湮灭并释放出巨大的能量。在飞碟的动力系统中，反物质反应堆是核心部分。通过质子高速撞击某些元素，使其产生反物质，反物质与物质发生湮灭反应，产生的能量能够让飞碟轻松实现高机动性的飞行。
时空扭曲技术
飞碟可以通过其设备将远处的空间进行拉伸和扭曲，形成一种类似“时空隧道”的结构，让飞碟在扭曲的空间中以远超常规的速度移动。这种方式通过缩短空间距离来实现快速星际旅行，但需要难以想象的巨大能量和对空间操控技术的极高要求。
这些理论和推测各有其依据和局限性，目前还没有确凿的证据证明飞碟的存在和具体的飞行原理。飞碟的飞行原理仍然是科学界和公众关注的焦点，未来可能会有更多新的发现和解释。