免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）是一种利用抗体和抗原之间的特异性结合来研究蛋白质间相互作用的经典方法。其基本原理是在细胞裂解液中加入针对目标蛋白的抗体，形成的抗体-抗原复合物会同时将与之相互作用的蛋白一起沉淀下来。通过分析沉淀下来的复合物，可以确定这些蛋白质之间是否存在相互作用以及这种相互作用的特性。
免疫共沉淀的实验步骤如下：
样品制备
悬浮细胞：1000xg离心5分钟，弃上清，收集细胞，用PBS缓冲液清洗细胞3次。使用1ml裂解液裂解1x10^6-5x10^6细胞，全程冰上操作。
贴壁细胞：建议用胰酶将细胞消化后，按照悬浮细胞的方式进行裂解，一般一个10cm大皿的细胞可以使用1ml裂解液。
细胞裂解
在细胞裂解液中加入蛋白酶抑制剂和核酸酶抑制剂，冰上静置30分钟，每10分钟震荡混匀一次，4°C下12000xg离心10分钟，收集上清液。
免疫共沉淀
将特异性抗体加入细胞裂解液中，与目标蛋白质结合形成抗原-抗体复合物。可以选择预包被在蛋白A/G琼脂糖微珠上的抗体，以便更容易地进行后续步骤。
在4°C下缓慢摇晃孵育过夜。
洗涤
通过几次洗涤步骤去除裂解液中非特异性结合的蛋白质和其他污染物。洗涤缓冲液的选择可根据实验需求优化。
洗脱
使用洗脱缓冲液将目标蛋白质从抗原-抗体复合物中洗脱出来。可以使用高浓度的盐溶液（如SDS-PAGE样品缓冲液）或其他适当的洗脱缓冲液。
蛋白质检测
对洗脱的样品进行进一步的蛋白质分析，如先利用SDS-PAGE电泳将蛋白复合物分离，再利用Western blot实验检测是否存在靶蛋白。
建议
抗体特异性：确保使用的抗体具有高特异性和低交叉反应性，以提高实验结果的可靠性。
样本处理：严格控制样本处理过程中的每一个步骤，避免蛋白降解和污染。
缓冲液选择：根据实验需求选择合适的裂解缓冲液和洗涤缓冲液，以保持蛋白质的活性和完整性。
通过以上步骤，可以有效地进行免疫共沉淀实验，研究蛋白质间的相互作用。