基孔制与基轴制的主要区别体现在以下几个方面：
表示方法
基轴制的轴公差带固定不变，代号用小写字母“h”表示。
基孔制的孔为基准孔，其下偏差（EI）为零，基本偏差代号为H。
选用原则
设计时，为了减少定制刀具、量具的规格和种类，便于生产，提高经济性，应优先采用基孔制。
在可以获得明显的经济效益的情况下，如受原材料、标准件和结构限制时，选择基轴制可能更为合适。
加工顺序
基孔制是一种先用钻床或车床加工出一定尺寸的圆柱形工件作为基孔，再在该基孔上套加另一种尺寸的圆柱形工件作为零件的方法。
基轴制则是先将工件放在机床上进行粗加工，然后再通过铣削、钻孔等工艺加工出所需的形状和尺寸。
配合效果
基孔制是固定孔的公差带位置，变换轴的公差带位置，通过选择轴的不同公差，得到不同的配合效果。
基轴制是改变孔的基本偏差以获得不同的配合。
应用场合
基孔制适用于有多个孔的零件，可以减少加工过程中的调整次数，提高加工效率，广泛应用于各种孔的加工和制造，如轴承和箱体等间隙配合的场合。
基轴制则适用于以轴为主体的零件，便于控制轴的尺寸和位置精度。
经济性
对于大批量生产的产品，采用基孔制可以降低生产成本，因为孔的尺寸一旦确定，就可以通过更换不同的孔塞来满足不同产品的需求，而不需要对每个产品都进行单独的轴加工。
综上所述，基孔制与基轴制在表示方法、选用原则、加工顺序、配合效果、应用场合和经济性等方面存在明显的区别。设计时，应根据具体需求和条件选择合适的基准制度，以实现高精度、高质量的零件制造。