蛋白质分子结构可以分为四个层次，具体如下：
一级结构
定义：是指蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序，包括二硫键的位置。
主要化学键：肽键，有些蛋白质还包含二硫键。
二级结构
定义：是指蛋白质分子中某一段肽链的局部空间构象，即该肽链主链骨架原子的相对空间位置，并不涉及氨基酸残基侧链的构象。
主要形式：α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规卷曲等。
主要化学键：氢键。
三级结构
定义：是指整个肽链中所有氨基酸残基的相对空间位置，即整个肽链中所有原子在三维空间中的排列位置。
主要化学键：疏水键、盐键、二硫键、氢键和范德华力。
四级结构
定义：是指由不同多肽链（亚基）间通过次级键相互组合形成具有功能的蛋白质复合物分子。
主要化学键：非共价键，如氢键、疏水键和范德华力等。
蛋白质的结构决定了其功能和性质，也是研究蛋白质生物学、医学等领域的基础。