水性漆的缺点主要包括以下几点：
易产生污渍：
由于水性漆中的水张力较大，如果施工表面的材质不好或者不干净，易产生污渍以及导致涂膜缩孔的情况。
稳定性较差：
水性漆的分散粒子存在不稳定性，在输送过程中分散微粒易变成固体微粒，因此对输送的管道形状要求比较高。
腐蚀性强：
水性漆中含有大量的水，在输送和设备使用的过程中易受到腐蚀，所以需要用不锈钢钢管进行输送以及采用耐腐蚀强的设备。
导电性强：
由于水的介电常数大，水性漆导电性强，在进行静电喷涂时会有特殊要求。
蒸发热容值高：
由于水的高蒸发热熔值易导致水性漆中的水蒸发慢，因此水性漆需要再加工过程中设置加热区，把水性底漆涂层挥发出去。
耐久性差：
水性漆相对于油性漆来说，耐久性较差，容易被刮花或褪色。
涂装要求高：
由于水性漆干燥速度快，需要施工者有较高的涂装技术，否则易出现施工不均匀的情况。
成本较高：
虽然水性漆的环保性能较好，但其生产成本相对较高，价格也比油性漆贵一些。
防水性差：
水性漆对水的抗性差，如果在潮湿的环境中使用，容易造成表面涂层的剥落和脱落。
附着力弱：
水性漆的附着力较差，需要使用专门的底漆来增加附着力，否则容易发生剥落。
涂料成本高：
相对于传统的溶剂型漆，水性漆的成本较高，涂料价格也较贵。
涂装效果差：
水性漆的颜色饱和度和光泽度比溶剂型漆差，需要使用专门的调色剂来调配颜色和光泽度。
清洁度要求高：
水性漆对施工过程中和原料的外表清洁度要求较高，如果清洁不彻底，会影响涂装效果。
烘烤能量耗费大：
水性漆的蒸腾潜热较大，烘烤能量耗费较多。
油烟问题：
烘烤过程中，有机助溶剂等会产生油烟，凝聚后滴于涂膜表面，影响外观。
贮存期较短：
水性漆的贮存期较短，一般在开封后的几个月内使用完毕，否则容易出现质量问题。
耐水性较差：
水性木器漆主要是以水作为溶剂，依靠水和成膜助剂的挥发并进行自交联反应成膜干燥，所以水性漆涂膜的耐水性较差。
综上所述，水性漆在环保性能方面具有优势，但在实际应用中仍存在一些技术和成本上的挑战。在选择和使用水性漆时，需要根据具体需求和条件进行综合考虑。