电商企业合理避税的方法主要包括以下几点：
利用税收的所得来源地不明确避税
电子商务环境中出现的虚拟企业无工商注册、无税收登记，利用其无界性，无法判断税收所得来源地的特点。由于虚拟企业纳税主体的不确定性和模糊性，目前税法对虚拟企业尚无相关的税收法律规定，所以很难对其征税从而达到避税。
利用税收管辖权对于电子商务环境下企业的弱化来避税
由于互联网交易的无界性，不同地方的贸易按界划分已毫无意义，电子货币交易的隐蔽性，很难用传统的税收管辖权中依据的常设机构、固定场所和商品、服务发生地来判断，对征税造成很大难度，企业常利用互联网交易的无界性，尤其是跨国税收征收管辖权的不确定来到达避税目的。
利用优惠政策和税负洼地避税
不少地方的电商产业园区都有很多优惠政策，电商企业要积极利用当地的优惠政策。网络电子交易成本低且交易无时空限制，对于电商在不同地方注册公司带来了成本便利。可以充分享受注册地的税收优惠政策和税负洼地的低税负。
用有偿赠送的方法来规避增值税和个税
不管是赠送礼品、赠送积分、红包都尽可能将这些行为与有偿购物“挂钩”，这样可以免去增值税、个税。例如，购买儿童羽绒服1000元，赠送儿童旅游鞋200元，则是有偿赠送，儿童旅游鞋200元不需要缴纳增值税。
转移定价法
转移定价的避税原则，一般适用于税率有差异的相关联企业。通过转移定价，使税率高的企业部分利润转移到税率低的企业，最终减少企业整体税负。
选择电子商务企业的性质
在我国，目前多数从事电子商务的企业注册于各地的高新技术园区。这些企业大都拥有高新技术企业证书，其营业执照上限定的营业范围很广。被认定为生产制造企业、商业企业还是服务企业，将直接决定其税负情况。因此，电子商务企业在设立时，可以通过扩充、缩减营业范围，使自己被认定为理想的企业性质。
适当利用转让定价策略
由于电子商务改变了公司进行商务活动的方式，网络传输的快捷使关联企业对特定商品和劳务的定价有较大的灵活性。通过电子商务，可快速地在关联企业之间有目的地调整成本费用及收入，使整个集团谋求利益最大化。
在成本控制方面建立精细化的成本核算体系
对于每一笔采购支出，都要详细记录供应商信息、采购数量、价格、交货期等，定期分析采购成本的构成，寻找降低成本的机会。在税务筹划上，要及时了解国家的税收政策，合理利用税收优惠。
加强财务人员的培训和管理
财务人员不仅仅是记账员，他们应该成为企业老板的财务顾问。老板要和财务人员保持密切沟通，让他们参与到企业的决策中来。例如，在制定销售策略时，财务人员可以根据成本和利润情况提供数据支持，帮助老板制定合理的价格策略。
请注意，以上方法均需在合法合规的前提下进行，避免涉及逃税等违法行为。企业在制定税务筹划方案时，应咨询专业的税务顾问，确保方案的合理性和可行性。