程序违法的案件处理方式主要 取决于违法的具体情况和严重程度，以及所涉及的法律领域。以下是几种可能的处理方式：
判决撤销或部分撤销
人民法院可以判决将具体行政行为撤销或者部分撤销，并要求被告重新作出具体行政行为。这是基于《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条的规定，违反法定程序的行政行为是无效的。
责令重新作出处理决定
在某些情况下，法院不仅会撤销违法的具体行政行为，还可能要求相关行政机关重新作出处理决定。例如，如果行政处罚违反法定程序，法院可以判决被告重新作出具体行政行为。
发回重审
如果程序违法案件涉及刑事诉讼，且原判决存在严重违反法定程序的情形，第二审人民法院可以裁定撤销原判，发回原审人民法院重审。
内部处罚
对于法官在审判阶段出现的程序性违法行为，一般会发回重审，并在法院内部接受处罚。法官所拥有的审判权是用来维护正义的，惩处犯罪的。
补充侦查
在移送审查起诉之后发现公安局立案程序违法的情况下，人民检察院可以退回公安机关补充侦查，要求公安机关就立案问题补充相关说明。
不予行政处罚
如果违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果，根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十三条的规定，可以不予行政处罚。
责令改正
对于需要责令改正的违法行为，应同时下达《责令改正通知书》，明确责令改正的具体内容和期限。
建议
及时上诉或申请再审：当事人如果认为自己的合法权益受到程序违法的侵害，应及时向上级法院提起上诉或申请再审。
收集证据：在处理程序违法案件时，应全面、客观、公正地收集与案件有关的证据，查明违法事实，为后续处理提供充分依据。
咨询专业律师：在处理复杂的法律问题时，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
以上内容仅供参考，具体处理方式应根据案件的具体情况和法律规定进行。