上海疫情应对程序主要包括以下几个方面：
高风险岗位人员健康管理
针对机场口岸、医疗机构等重点场所，划定岗位风险等级。
对口岸一线工作人员、医院发热门诊医护人员等高风险岗位人员，加强健康管理，落实每日健康监测和发热报告制度，加大加密核酸筛查频次，疫苗接种做到“应接尽接”。
来（返）沪人员管理
对高风险地区来（返）沪人员，一律实施14天集中隔离健康观察，实行2次新冠病毒核酸检测。
对中风险地区来（返）沪人员，一律实施14天严格的社区健康管理，实行2次新冠病毒核酸检测。
医疗机构监测哨作用
加强对医疗机构的督查，持续全面加强病例监测筛查。
医疗机构预检分诊时主动开展相关流行病学史询问，规范开展发热患者筛查。
强化全市各级各类医疗机构院感防控措施，特别是针对医疗机构重点场所、重点部门、重点环节，做好医务人员培训工作，要求严格做好自我防护，规范工作流程。
疫情相关组织
居委：负责社区疫情相关事务的组织和协调。
居委防疫小组：特别成立的机构，负责具体的防疫措施。
街道：与居委配合，负责街道范围内的疫情防控工作。
街道防疫办：负责街道防疫工作的具体执行和协调。
区疾控中心：负责区域内的疫情监测、控制和防控指导。
市大数据中心：负责疫情相关数据的收集、分析和报告。
12345：市民服务热线，提供疫情相关咨询和投诉。
疫情查询
通过微信搜索“上海疫情等级查询”，进入国家政务服务平台，选择“地区”后查询上海及所在区域的疫情风险等级。
就医流程
封控区、管控区人员就医：需提前联系定点医疗机构，由社区安排车辆转运就诊，诊疗结束后由社区安排车辆接回。
防范区人员就医：可自行前往正常开诊的医疗机构，或搭乘街镇安排的专用车辆或巡游出租车闭环前往有关医疗机构就诊。
全市各街镇、居村、各级医疗机构、急救中心等单位不得以查验核酸阴性证明作为进出小区就医、转送病人和接诊的限制。
应急预案
各区卫生健康委（疾控局）起草的传染病应急预案，需向市疾控局监测应急处预报，并在印发前报市疾控局进行审核。
这些措施和流程旨在优化新冠肺炎疫情应急响应，提升全市的应急响应和处置能力，确保人民群众的生命安全和身体健康。