渔政程序违法的处理方式主要包括以下几点：
表明身份：
执法人员在进行处罚前，需向当事人表明自己的身份，确保执法的合法性。
说明理由：
执法人员应详细说明处罚的理由，使当事人了解其违法行为的性质及处罚依据。
制作处罚决定书：
根据违法事实和法律规定，制作正式的处罚决定书，并明确处罚内容。
当场交付当事人：
处罚决定书应当场交付给当事人，确保其知情权。
报所属机关备案：
处罚决定需报所属机关备案，以便进行后续管理和监督。
当事人申请复议或提起诉讼：
当事人如对处罚决定不服，可以申请行政复议或提起行政诉讼。
简易程序：
对于违法事实清楚、情节轻微的违法行为，可以适用简易程序，当场作出处罚决定。简易程序的具体步骤包括表明身份、说明理由、制作处罚决定书、当场交付当事人、报所属机关备案，并告知当事人申请复议或提起诉讼的权利。
情节严重时的处理：
对于违反渔业法律法规情节严重、构成犯罪的，应移交公安、司法机关处理。拒绝、阻碍渔业执法人员依法执行职务的，也应移送公安机关处理。
案件移送：
对不属于本渔政监管区的案件，应移送有管辖权的机关，并在查获之日起30天内完成移送，同时通知当事人。
执行处罚决定：
执法机构或人员根据当事人违规事实与情节，适用渔业法律法规等作出行政处罚决定，并将处罚决定送达当事人，要求当事人付诸实施。
综上所述，渔政程序违法的处理方式包括表明身份、说明理由、制作处罚决定书、当场交付当事人、报所属机关备案，并告知当事人申请复议或提起诉讼的权利。对于情节严重或构成犯罪的违法行为，应移交公安、司法机关处理，并确保案件移送的及时性和合法性。