针对验收程序不合规的问题，可以采取以下整改措施：
加强验收程序的规范性
确保验收程序的相关文件和要求的准确记录和描述，包括验收标准、验收标志和要求、验收人员的职责等。
明确涉及多个部门或环节的验收程序中各个环节的配合和责任，避免责任推卸。
对验收程序相关的信息和资料进行分类、登记和保存，便于日后的查阅和核查。
加强对验收人员的培训和考核
确保验收人员具备必要的专业知识和技能，能够熟练操作验收程序并正确判断质量是否合格。
定期对验收人员进行培训，提升其技术水平和业务能力。
建立完善的考核机制，定期评估和监督验收人员的工作，对不符合要求的人员及时进行整改或替换。
完善验收程序的管理流程
建立科学合理的验收流程，规范各个环节之间的关系和协作，确保质量问题能够及时发现和解决。
在验收过程中设立监控点和控制点，对产品或服务进行多个环节的检验和评估，减少质量问题的出现。
建立健全的纠错机制，对发现的问题及时进行整改，并对整改措施的有效性进行评估和追踪。
增加第三方监督与审核
引入第三方机构或专家对验收程序进行监督和审核，提高监督的独立性和客观性。
第三方可以依据相关法规和标准，对验收程序的合规性和有效性进行评估，并提出改进建议和意见。
建立客户投诉和建议制度，接受客户的评价和反馈，积极处理和解决客户的问题和需求。
法律途径
如果验收程序不合规导致建设工程施工合同被判定为无效，且建设工程未能达到合规要求，发包人有权向承包人提出请求，主张其支付相关的修复费用。
对于因建筑工程不符合规定引发的经济损失，如果发包人存在过失行为，也需要承担相应的民事法律责任。
处理不合格工程
若工程验收不合格，需依情况采取返修、加固或返工处理。局部问题可返修，重大缺陷需加固；无法修复则返工。
某些特定情况下，如质量缺陷虽存在但不影响安全使用，或可通过后续工序弥补的，可选择限制使用或不作处理；若存在严重质量问题，无法通过上述方式解决，则必须采取报废处理。
重新验收
经返工或返修的检验批，应重新进行验收。
经有资质的检测单位检测鉴定能够达到设计要求的检验批，应予以验收。
经有资质的检测单位检测鉴定达不到设计要求，但经原设计单位核算认可能够满足安全和使用功能要求时，该检验批可予以验收。
经返修或加固处理的分项、分部工程，满足安全及使用功能要求时，可按技术处理方案和协商文件的要求予以验收。通过返修或加固处理仍不能满足安全使用要求的分部工程、单位（子单位）工程，严禁验收。
通过以上整改措施，可以有效处理验收程序不合规的问题，确保工程质量和合规性。