本科毕业论文抽检程序通常包括以下几个步骤：
前期准备阶段
通知发布与数据收集：教育主管部门或高校会根据相关规定，发布本科毕业论文抽检的通知，明确抽检的时间范围、比例、对象以及具体要求等。各学院需根据通知要求，整理上一学年度授予学士学位并完成备案的全部毕业生的本科毕业论文信息，包括普通高等教育、成人高等教育、高等教育自学考试和来华留学等各类学生的论文。
平台注册与数据录入：参与抽检的高校需登录全国本科毕业论文抽检信息平台（如：https://xscj.cdgdc.edu.cn），完成账号注册与数据录入工作。学生数据包括学位授予清单、学生毕业论文原文、查重报告等关键信息。同时，高校还需更新专家库，确保有足够数量的合格专家参与评审。
抽检实施阶段
随机抽取抽检名单：省级教育行政部门或高校教务处采用随机抽取的方式，确定抽检论文的名单。抽检比例一般不低于当学年授予学位学生数量的2%，且需覆盖全部本科专业，确保抽检的广泛性和代表性。
学术不端行为检测：抽检论文在正式送审前，通常会进行学术不端行为检测，如查重。这一步骤旨在初步筛查论文中可能存在的抄袭、剽窃等学术不端行为，为后续的专家评审提供参考。
组织专家评审：抽检论文送交专家评审，评审过程分为初评和复评两个阶段。
初评阶段：每篇论文由3位同行专家进行独立评审。若3位专家中有2位以上（含2位）认为论文不合格，则该论文被认定为存在问题论文。若仅有1位专家持否定意见，则需进行复评。
复评阶段：若初评阶段有异议，则送交复评。复评由另外3位专家进行评审，若复评结果仍存在问题，则论文被认定为不合格。
反馈评审结果
评审结果反馈：评审结束后，抽检结果将反馈给相关学院和论文作者。对于存在问题论文，会要求相关学院和作者进行整改，并再次提交论文进行抽检。
处理异议和申诉
异议处理：若论文作者或学院对抽检结果有异议，可以向相关部门提出申诉。申诉需提交书面材料，由相关部门进行复核和处理。
通过以上步骤，确保本科毕业论文抽检工作的公正、公开和透明，有效保障学位授予的质量。