关于小程序配送超时的赔偿方式，可以总结如下：
商家未及时发货
如果商家在接单后超过预计的配送到达时间仍未发货，则商家需要承担赔偿责任。
配送员原因导致延时
如果商家已经及时将订单发货给配送员，但由于配送员的原因导致配送延时，则赔偿责任由配送员承担。
配送员拒付
如果配送员拒绝承担赔偿责任，例如百度外卖平台会先行进行赔付，然后再从配送员的账户中扣除相应的款项。
赔付标准
赔付金额通常根据订单实际支付金额的一定比例进行计算，例如订单实际送达时间晚于承诺送达时间10分钟以上，赔偿订单实际支付金额的40%。
赔付上限可能设定为200元。
赔付方式
超时赔付的款项一般会在一个工作日内直接返还到用户的美团账户余额。
申请赔付流程
用户可以通过微信关注相关公众号或拨打客服电话进行申请，提供订单号和相关信息后即可进行赔付申请。
其他注意事项
预订单通常不享受超时赔付。
某些情况下，如恶劣天气或美食烹调时间过长，商家可能会选择延长承诺时间或不做承诺，具体情况需参照商家公告。
综上所述，用户在遇到小程序配送超时时，可以根据上述规定进行赔偿申请，并获得相应的赔付。建议用户在下单时仔细阅读订单条款，了解具体的赔付规则和方式，以便在需要时能够及时获得赔偿。