函证程序的控制措施主要包括以下几个方面：
严格控制过程
确保询证函上的名称、地址、金额等信息准确无误。
函证资料寄出前应妥善保管。
准备已付邮资，要求回函直接寄给注册会计师。
询证函经被审计单位盖章后，由注册会计师直接发出。
合理确定函证的范围和对象
根据应收账款在全部资产中的重要性、被审单位内部控制、以前期间函证的结果等因素进行选择。
选择适当的函证方式
根据被审计单位的内部控制、应收账款的重要性、以前期间的函证结果等因素，合理确定函证的范围和对象。
在内部控制无效或预计差错率较高时，选择肯定式函证。若在询证函上要求债务人填写金额，则函证信息的保证程度更高，但这会加大回函者的工作量，并可能大大降低回函率。在采用肯定式函证时，若没有得到答复，一般应发送第二次乃至第三次询证函，如果仍得不到答复，或者回函不能令人满意，则应考虑采用替代审计程序来验证应收账款的正确性。
独立邮寄
不使用被审计单位本身的邮寄设施，而是独立寄发询证函。如果采用快递方式，注册会计师需要警惕被审计单位拦截询证函的风险。
跟函
如果需有被审计单位员工陪伴，注册会计师需要在整个过程中保持对询证函的控制，同时，对被审计单位和被询证者之间串通舞弊的风险保持警觉。
记录和统计
将发出询证函的情况和收到的回函形成审计工作记录。
汇总统计函证结果，评估函证的有效性。
对于未回复的函证，应分析原因，必要时进行再次复询。
处理回函
认真处理回函及评价函证结果，对差异进行分析，并在工作底稿中记录处理结果。
对于未回复的函证，应分析原因，必要时进行再次复询。如果仍然得不到回复，则应考虑采用替代程序，并根据检查结果判断其债权的真实性与可收回性。
替代审计程序
对于那些不准备函证的账户，注册会计师也应执行相应的审计程序，如抽查有关销售合同、订单、销售发票副本及发货凭证等。
核查销售合同、销售订单、销售发票副本及发票凭证等，以验证这些应收账款的真实性；可通过检查发票副本及银行收款凭证，复核计算上的正确性；合计有关明细账户，并核对每天记人应收账户的金额来证实其账务处理的正确性。
通过以上控制措施，注册会计师可以确保函证程序的有效性和可靠性，从而获取充分、适当的审计证据。