代持核查程序通常包括以下几个步骤：
核查增资款及股权转让款支付凭证
审查公司与持股平台历史上的股权和出资份额代持形成过程，确保其合理性和入股价格的公允性。
核查相关支付凭证，包括增资款和股权转让款的支付情况。
审查银行流水
检查公司现有自然人股东（含控股股东、实际控制人）及持股平台内自然人历次出资时点前后一定时期内的银行流水，以确认资金来源和代持行为的真实性。
与股东沟通
向股东说明股权代持对公司发展的危害性，明确信息披露的重要性。
询问股东是否签署股权代持协议，代持股权时的资金来源，是否有银行流水，代持的原因说明等。
核查股权代持协议
重点审查主体资格，要求当事人提供身份证件、公司资料、双方的协议、隐名股东的出资资料等。
询问隐名股东和显名股东是否有恶意串通、逃避债务、转移资产的行为，并告知相关后果。
审查隐名股东是否参与公司的管理，明确股东表决权委托和通知义务。
明确代持股权的权利和义务
协议中应约定名义股东不得擅自处分股权，处分前应征得实际出资人的同意。
明确实际出资人享受利益分配或增资配股及其他资产收益的权利。
提出股权还原解决方案
如果股东能够自己向中介机构说明原因，中介机构可以根据股东的说明进一步核查，并提出股权还原的解决方案。
如果股东未向中介机构说明，中介机构自行核查难度较高，但仍可通过专业判断搜索到一些蛛丝马迹。
总结核查意见
主办券商及律师应综合以上核查结果，出具核查报告，明确股权代持的合法性、真实性及潜在风险，并提出相应的法律建议。
通过以上步骤，可以全面、系统地核查代持情况，确保股权结构的清晰和合规性。