当遇到报批程序不合规的问题时，可以采取以下措施进行处理：
识别问题根源
梳理现有审批流程，找出冗余步骤和重复审批的环节。
分析审批时间和通过率等数据，识别出瓶颈和低效环节。
收集审批相关员工的意见，了解实际操作中的困难和痛点。
优化流程设计
简化流程：删除不必要的审批环节，减少审批节点，提升审批效率。
明确权限：明确每个审批节点的审批权限，避免权责不清导致的审批延误。
标准化表单：设计标准化的审批表单，确保审批信息的完整性和规范性。
加强员工培训
培训员工熟悉新的审批流程和规范，确保每个节点操作标准一致。
培训员工掌握审批系统的使用方法，提高系统的使用效率。
引入智能工具
使用流程管理工具（如简道云）实现审批流程的自动化和规范化。
自动化工作流可以减少人为干预和错误。
实时监控和反馈功能便于管理者及时了解审批进展。
数据分析和报告功能帮助企业优化流程。
持续监控与改进
定期对审批流程进行审查和评估，确保其持续有效。
根据反馈和监控数据进行必要的调整和改进。
合规性审查
对于特定的报批程序（如征地审批），如果程序违法，被征地人可申请行政复议和提起行政诉讼。
如果征地主体违反征地行为同时构成对被征地人合法权益侵害的，还必须依照国家赔偿法的规定承担行政赔偿责任。
重新选举或投诉
对于业主委员会成立程序不合规但已完成备案的情况，应重新选举并备案，以确保程序合规，维护业主权益。
通过以上步骤，可以有效地处理报批程序不合规的问题，提升审批效率，确保流程的规范性和合规性。