微程序是通过将一条机器指令的微操作控制信号序列编制成二进制编码字（称为微指令），并 事先存放在控制存储器中。当CPU执行机器指令时，它会从控制存储器中取出相应的微程序段，逐次取出微指令，送入微指令寄存器，然后译码产生所需的微命令，控制各步操作完成。
具体来说，控制存储器（CM）是CPU内部的一个专用存储器，用于存放各种机器指令对应的微程序段。微指令寄存器（uIR）则用于存放当前正在执行的微指令。微程序中的每一条微指令通常包含操作控制字段和顺序控制字段，前者用于产生某一步操作所需的各种操作控制信号，后者用于控制产生下一条要执行的微指令地址。
因此，微指令的存放方式是通过控制存储器，这种方式使得CPU能够以灵活和可编程的方式执行不同的机器指令。