处理扣车程序违法的情况，可以采取以下步骤：
了解扣车原因
首先，明确车辆被扣的具体原因，如交通违法、未按时年检、涉嫌事故等。
准备相关证件和材料
根据扣车原因，准备相应的证件和材料，如个人身份证、驾驶证、行驶证等。
前往相关部门处理
前往扣车的相关部门，如交警大队或运管部门，了解具体的处理流程和所需缴纳的罚款、费用等。
处理违章记录
如果是因为交通违法被扣车，需要及时处理违章记录，缴纳相应的罚款，并可能需要参加交通法规学习或考试。
配合警方调查
若车辆涉嫌事故被扣，需要配合警方的调查和处理，提供必要的信息和证据。
申请行政复议或提起行政诉讼
如果认为交警扣车行为违法，可以向当地公安机关交通管理部门提出行政复议或向人民法院提起行政诉讼。
寻求法律帮助
如果扣车行为涉及经济纠纷或其他违法行为，可以咨询律师，了解自己的权利和应对策略。
注意时效问题
根据相关规定，被扣留的车辆应当在规定期限内接受处理，逾期未接受处理的，可能会面临车辆被依法处理的风险。
保留证据
在整个处理过程中，当事人应妥善保留相关证据，如现场照片、影像资料、证人证言等，以便日后维权。
通过以上步骤，可以更有效地处理扣车程序违法的情况，维护自己的合法权益。