小程序备案通过后，通知方式如下：
站内信和模板消息：
审核完成后，小程序平台会通过站内信和模板消息等方式通知管理员审核结果。管理员可以通过微信公众平台实时查看审核进度。
短信验证：
为了符合工信部的规定，所有小程序备案需要进行短信验证。审核通过后，将收到工信部发送的验证码短信，需要在24小时内登录工信部官方网站完成短信验证操作。
电话畅通：
在审核期间，需要保持电话畅通以便核验。
备案号：
审核通过后，将下发小程序备案号，此时备案完成。备案号可以在备案平台上查看，并需要将备案号添加到小程序中。
建议：
管理员应定期检查微信公众平台和工信部官方网站，确保能够及时收到备案相关的通知。
在收到短信验证码后，务必在规定的24小时内完成验证操作，以免影响备案进度。