防止程序被反编译是一个复杂的过程，需要综合运用多种技术。以下是一些常见的方法：
使用安全容器
通过将安全容器内嵌到操作系统中，对容器内的应用和数据进行加锁，实现最后一米数据安全。这种方法可以有效防止核心数据泄露、服务器终端中病毒以及反编译和反破解。
修改Native函数名
虽然这种方法的安全措施不是很强大，但可以通过修改Native函数的名称来起到一定的障眼法作用。这需要在应用程序中加载自定义的Native库，并在加载时重命名这些函数。
代码混淆
混淆代码是一种通过修改、变换、重组和隐藏源代码的技术，使得代码在保持功能不变的同时，增加了阅读和理解的难度。这可以有效降低反编译者对代码逻辑和结构的理解，从而增加反编译的难度。
加密敏感数据
对于应用程序中的敏感数据，如数据库链接、密钥等，可以使用加密算法进行加密。这样即使代码被反编译，也无法直接获取到明文数据。
动态代码生成
将关键代码在运行时动态生成，而不是在静态的可执行文件中存储。这样可以降低被静态分析和反编译的风险，但可能会增加内存压力和影响垃圾回收的效率。
使用代码混合技术
通过使用Native代码和P/Invoke调用等方式来增加代码的安全性，隐藏关键代码和算法部分，提高反编译的难度。
使用代码签名
为应用程序提供数字证书签名，验证应用程序的完整性和真实性，防止恶意篡改。
使用VM技术
使用虚拟机技术可以使得反编译者难以直接分析程序的执行流程和数据结构。这种方法需要较高的技术实力和时间投入，但可以显著提高反编译的难度。
隔离Java程序
将关键的Java Class放在服务器端，客户端通过访问服务器的相关接口来获得服务，而不是直接访问Class文件。这样可以防止黑客直接反编译Class文件。
对Class文件进行加密
将一些关键的Class文件进行加密，并在使用这些类之前进行解密。这可以通过自定义ClassLoader类来完成，但需要注意的是，如果解密密钥和算法被破解，那么被加密的类也很容易被解密。
转换成本地代码
将程序转换成本地代码也是一种防止反编译的有效方法。这种方法可以使得反编译者难以分析程序的执行流程和数据结构，但需要较高的技术实力和时间投入。
使用花指令
通过在代码中插入一些无用的指令（花指令），使得反汇编后的代码变得难以理解。这种方法虽然简单，但效果有限，且容易被破解者一层层解开。
使用商用软件
例如，使用Excelsior Jet将Java程序转化为可执行文件，这样可以使得源代码无法被恢复，从而提高程序的安全性。
使用硬件保护
将关键代码部署到专用硬件上，例如FPGA或ASIC，以提高破解难度。
综合运用以上方法可以显著提高程序的安全性，但需要注意的是，没有绝对的方法可以完全防止程序被反编译。因此，建议根据具体的应用场景和需求选择合适的技术手段，并进行持续的更新和维护。