微信小程序的扣费方式主要涉及以下几个方面：
交易手续费
微信小程序平台对单笔交易收取订单金额的0.6%作为手续费。
若商家申请成为微信服务商，并在特定类目下申请，有可能获得0.38%的费率。
开发费用
小程序的制作费用包括小程序认证费、服务器租赁费等。具体费用根据功能和软件的不同而有所差异，一般每年在几千元到几万元之间。
通过第三方平台套用模板可以降低费用，一年大概几千元就可以制作一款不错的小程序。
自动扣费功能
小程序可以通过微信支付的服务商平台申请开通自动扣费功能。用户在使用小程序时，可以自动扣除账户余额进行支付，无需手动输入支付密码或其他信息。
申请自动扣费功能需要先完成微信支付功能的开通和商户号的注册，并提供相关材料。
其他收费方式
小程序可以通过放个人收款码、与公众号连接、跳转到个人付款链接等方式收款。
另外，小程序个体户还可以通过开通会员制、广告盈利等方式获得收入。
建议
对于商家：如果小程序交易量较大，可以考虑申请微信服务商的较低费率，以降低交易成本。
对于开发者：可以根据项目需求选择合适的开发方式，如果预算有限，可以选择第三方平台模板或自己开发小程序。
对于用户：在使用小程序时，注意查看是否有自动扣费选项，并确保账户安全，避免不必要的损失。