当程序合法但存在违规情况时，具体的处罚方式取决于违规的性质和严重程度。以下是可能的处罚措施：
责令改正：
有权机关在发现违规情况后，会要求相关机关或人员改正其违反法定程序的行为。这可能涉及重新进行行政处罚程序或采取其他纠正措施。
行政处分：
对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，根据违规的严重程度，可能会依法给予行政处分，包括警告、记过、降级、撤职、开除等。
撤销原决定：
如果行政处罚程序严重违规，法院可能会撤销原处罚决定，并要求行政机关按照合法程序重新作出处罚决定。
国家赔偿：
如果因违规行政处罚给当事人造成损失，当事人可以申请国家赔偿。
其他法律责任：
在某些情况下，违规的行政处罚程序可能导致其他法律责任，如刑事责任、民事责任等，具体取决于违规行为的性质和后果。
建议在实际操作中，相关机关应严格遵守法定程序，以避免因程序违规而引发不利后果。