针对旧改程序违法的处理方法，可以采取以下步骤：
报警
如果旧城改造过程中存在暴力、威胁或其他非法手段迫使被征收人搬迁的情况，当事人可以立即报警，维护自身权益。
申请行政复议
被征收人如对补偿决定不服，可以选择申请行政复议，这是法定的救济途径之一。
提起行政诉讼
当事人还可以选择向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
行政查处
执法部门在发现或接到投诉、举报后，若认为存在违法事实，有权进行立案查处。有权立案查处的部门包括规划局、城市管理综合行政执法局、乡（镇）人民政府等。
调查取证
在调查过程中，调查人员不得少于2人，并应遵循相关法律规定，确保调查程序的合法性。
作出处罚决定
根据调查结果，行政主管部门可以责令当事人限期拆除违法建筑，并处以罚款。对于情节严重的违法行为，还可能追究刑事责任。
强制拆除
如果当事人逾期未能自行拆除违法建筑，行政主管部门可以依法采取强制措施，包括查封施工现场和强制拆除。
法律依据
处理旧改程序违法行为的法律依据主要包括《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，这些法律法规详细规定了违法建设的处罚措施和程序。
综上所述，处理旧改程序违法行为应依法进行，通过合法途径维护当事人的权益。建议当事人在遇到此类问题时，及时咨询专业律师或相关机构，选择合适的救济方法。