当法院程序出现瑕疵时，可以采取以下几种处理方法：
向法院提出申诉 ：当事人认为法院在审理过程中存在程序错误时，可以在法定期间内向作出判决的上一级人民法院提出申诉。向检察院申请抗诉：
当事人认为法院在审理过程中存在严重程序错误时，可以向同级人民检察院申请抗诉。
向人大信访部门反映情况：
当事人认为法院在审理过程中存在程序错误时，可以向人大信访部门反映情况。
提起审判监督程序
当事人及其法定代理人或对已生效裁判认为确有错误的情况下，可以向人民法院或者检察院申诉。
各级法院院长对本院已生效裁判发现确有错误时，有权提交审判委员会处理。
最高法院对各级法院或上级法院对下级法院已生效裁判发现确有错误时，有权提审或者指令下级法院再审。
最高检察院对各级法院已生效的刑事裁判、行政裁判发现确有错误时，有权依审判监督程序提出抗诉。
地方各级检察院发现同级或者上级法院已生效的裁判确有错误时，可报请上级检察院抗诉。
撤回有瑕疵的诉讼行为或者补正瑕疵：
原则上应该撤回有瑕疵的诉讼行为，并通过实施无瑕疵的行为将出现的瑕疵除去。
通过追认除去有瑕疵的行为：
对于代理人与当事人意思沟通不畅造成的行为瑕疵，法律允许当事人通过事后追认方式确认代理人的代理权，从而使本该无效的有瑕疵代理行为变为有效。
对有瑕疵诉讼行为进行治疗：
有瑕疵的诉讼行为，可以通过除去或者追认的方式来使新行为发生效力。
再审程序：
如果发现民事诉讼程序错误，可以提请再审程序。再审是为纠正已经发生法律效力的错误判决、裁定，依照审判监督程序，对案件重新进行的审理。
在处理程序瑕疵时，当事人应当注意保留相关证据，以便在申诉或抗诉时提供支持。同时，当事人也应当遵守法律程序，不得采取非法手段干扰司法程序。