小程序商铺的税收主要涉及以下几个方面：
增值税
微信小程序入驻商家的混合销售额增值税率为6%。
增值税是商家从销售商品或提供服务中获得的收入中需要缴纳的部分，不论是线上还是线下销售渠道。
个人所得税
如果商家通过小程序商城获得的收入达到了纳税起征点，则需要根据个人所得税法规定缴纳个人所得税。
纳税人可以根据相关法规享受一定的税收优惠政策。
其他税费
根据商铺的性质（如自购或租赁）和用途，可能还需要缴纳房产税、契税、土地增值税等。
房产税率为1.2%适用于自购的铺面，以房产计税余值为计税基础；租赁的商铺，房产税率为12%，以房租收入为计税基础。
契税通常按照交易价的3%征收，但具体税率可能因地区和用途而异。
建议
确保合规：商家应确保所有交易都有合法凭证，并依法申报缴纳相应的税费，避免逃税漏税。
咨询专业人士：由于税收法规可能因地区和行业而异，建议咨询当地税务部门或专业税务顾问，以获取最准确的税收信息和指导。
记录和保存证据：商家应妥善保存所有相关的财务记录和交易凭证，以备税务审计之需。