当面临税务程序违法时，应按照以下步骤处理：
及时履行义务
若公司受到行政处罚，应及时缴纳罚款、滞纳金等，并履行其他法律义务。
配合税务机关的调查
对于税务违法违章行为，税务机关将依法进行调查，公司应积极配合，提供必要的信息和证据。
接受行政处罚
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十条，纳税人未按时申报办理税务登记、变更或注销登记的，税务机关可责令限期改正，并处以不超过二千元的罚款；情节严重者，罚款金额可在二千元至一万元之间。
刑事责任
若税务违法行为构成犯罪，如偷税漏税，将依照相关法律规定的程序进行司法审理，并根据犯罪事实和涉案金额进行量刑和判决。
内部处理
税务机关内部也应进行严格审议，确保案件事实清楚、证据确凿、定性准确，并作出恰当的处理决定。
申诉和复议
当事人对税务机关的处理决定不服的，可以申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。
避免“首违不罚”
需要注意的是，并非所有轻微的税务违法行为都会受到处罚。在某些情况下，满足一定条件可能适用“首违不罚”原则。
改正违法行为
无论是轻微还是严重的税务违法行为，公司都应及时改正，确保今后遵守税法规定，避免再次违法。
通过以上步骤，公司可以妥善处理税务程序违法问题，减轻或避免进一步的法律责任，并维护企业的良好信誉和可持续发展。