当程序违法时，可以采取以下措施：
提起行政诉讼：
当事人可以依法提起行政诉讼，法院经审理后认为行政机关的行政处罚决定违反法定程序的，会撤销或部分撤销行政处罚，并要求行政机关重新作出处罚决定。
申请行政复议：
行政相对人如果对行政行为有争议，可以在知道行政行为后的60天内申请行政复议。如果行政行为程序违法，行政复议机关应当撤销或变更行政行为，并可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为。
上诉：
如果当事人对一审法院的判决或裁定不服，可以提起上诉，请求二审法院撤销原判决或裁定，发回重审。二审法院如果发现一审法院的审理违反法律规定的诉讼程序，应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。
投诉和监督：
当事人可以向有关机关或部门举报法官或其他司法人员的违法行为，要求追究其法律责任。法院或监督机构会对相关情况进行调查核实，并根据情况采取相应的处理措施。
内部处理：
对于法官程序违法的行为，一般会采取发回重审的处理方式，并由法院内部对涉事法官进行相应的处罚。
重新鉴定：
在某些情况下，如鉴定程序违法或鉴定机构不具备资质，可以重新进行鉴定。
在处理程序违法的案件时，应注重保障当事人的合法权益，对于因程序性违法而遭受损失的当事人，应给予相应的赔偿或补偿。同时，应加强对程序性违法行为的监督和制约，确保司法公正和效率。