当征收程序违法时，根据相关法律法规的规定，可以采取以下处罚措施：
责令限期改正：
由县级以上人民政府土地主管部门责令违法征地主体限期改正，确保其按照法定程序进行征地活动。
没收违法所得：
对于违法征地主体，可以没收违法所得，以消除其违法行为带来的不当利益。
罚款：
除了没收违法所得外，还可以对违法征地主体处以罚款，以进一步惩罚其违法行为。
追究刑事责任：
如果违法征地行为构成犯罪，例如采取暴力、威胁等手段迫使被征收人搬迁，或者擅自将农民集体所有的土地用于非农业建设等，相关责任人员将被依法追究刑事责任。
行政责任：
对于不构成犯罪的相关责任人员，可以依法给予行政处分，例如警告、记过、降级、撤职等。
赔偿损失：
如果违法征地行为同时构成对被征地人合法权益的侵害，征地主体必须依照国家赔偿法的规定承担行政赔偿责任，赔偿因违法行为给被征地人造成的损失。
重新作出具体行政行为：
在行政复议或行政诉讼中，如果法院认定征地主体的行为违反法定程序，可以判决撤销或部分撤销原行政行为，并要求其在一定期限内重新作出具体行政行为。
综上所述，征收程序违法的处罚措施包括责令限期改正、没收违法所得、罚款、追究刑事责任、行政责任、赔偿损失以及重新作出具体行政行为。这些措施旨在纠正违法行为，保护被征地人的合法权益，并维护法律的严肃性和权威性。