督察程序直接调查的方法主要包括以下几种：
公开征集问题线索
来访：设立接待群众来访的房间，巡视组工作人员从早上8:30值守到下午5:30，来访群众说明情况后进行关键信息登记。
来信：通过邮寄方式将信访举报材料送至巡视组，邮寄地址在巡视公告中明确。
巡视进驻
巡视组会进驻被巡视单位，通过现场调研、听取汇报、个别谈话、查阅资料、受理信访举报等方式开展调查。
受理信访举报
巡视组会设立专门的举报渠道，包括来访、来信、网络和电话，并详细公布在公告信息中，接受群众举报。
现场调研
巡视组会到被巡视单位进行现场调研，了解实际情况，收集第一手资料。
听取汇报
巡视组会听取被巡视单位的汇报，了解其工作、管理、财务等方面的情况。
个别谈话
巡视组会安排与关键人员进行个别谈话，深入了解情况，获取重要线索。
查阅资料
巡视组会查阅被巡视单位的各类文件、资料，核实相关情况。
综合分析
巡视组会对收集到的信息进行综合分析，形成调查报告，提出处理意见和建议。
通过以上方法，督察程序能够全面、直接地调查被巡视单位的问题，确保调查的公正性和有效性。