当程序违法的行政处罚被查处时，将依照以下方式处理：
上级机关或部门责令改正
对于违反法定程序的行政处罚，上级行政机关或者有关部门有权责令其改正。
重新作出处罚决定
经法院审理确认违法行为后，行政机构将依法定程序重新作出处罚决定。
撤销或部分撤销原处罚决定
人民法院对违反法定程序的行政处罚，可以判决“撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为”。
不得使用相同事实和理由
判决被告重新作出具体行政行为的，被告不得以同一的事实和理由作出与原具体行政行为基本相同的具体行政行为。
对责任人员行政处分
对于违反法定行政处罚程序的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。
行政诉讼
被处罚人可以向人民法院依法提起行政诉讼，由法院对违反法定程序的行政机关的行政处罚决定予以撤销或部分撤销，再要求行政机关作出新的处罚决定。
这些措施旨在确保行政处罚的公正性和合法性，维护当事人的合法权益和社会秩序。建议相关当事人及时咨询专业律师，以便更有效地维护自身权益。