存放论文的程序可以根据不同的需求和场景进行选择，以下是一些常见的方法：
纸质版保存
多份保存：尤其是发表的论文等科研成果，最好保存多份纸质版，以防丢失。
电子版保存
及时保存：应及时保存论文等科研成果的电子版，没有电子版的应进行扫描或拍照。
备份：电子版论文应予备份，以防数据丢失。
云存储：可以使用云存储工具将论文保存在云端，确保论文的完整性和可用性。
代码存放
附录：可以将代码作为附录附于论文末尾。
直接插入：在正文中需要引用代码的地方直接插入代码。
截图或部分展示：如果代码过长，可以考虑使用截图或者部分展示，同时提供完整的代码链接或附件。
注释：为代码添加必要的注释，解释代码的功能和逻辑，以便读者理解。
格式转换与保存
Word格式：将论文从其他格式（如PDF、WPS等）转换为Word格式，并保存到指定文件夹。
PDF格式：将论文扫描或制作成PDF文件保存，这是一种广泛接受的格式，便于阅读和存档。
存档要求
学校要求：根据各个学校对于论文的装订要求和存档要求，进行正规装订并采用合适的存档方式。
档案馆归档：研究生的毕业论文电子稿必须归档到档案馆，根据论文的密级不同，归档的方式也不同。
建议
多备份：无论采用哪种方式保存论文，都应确保多份备份，以防数据丢失。
合规性：遵守学校和学术机构的存档要求，确保论文的合规性。
易读性：对于代码等部分，应确保清晰、整洁，并添加必要的注释，以便读者理解。
通过以上方法，可以有效地存放和管理论文，确保论文的安全性和可访问性。