烧录Nios II程序可以通过以下两种方法：
方法一：烧录到FPGA内部
编写代码：
首先，需要编写VHDL或Verilog代码，并通过Quartus进行合成。
生成硬件平台：
使用Cyber Quartus或Platform Designer创建一个Nios II处理器实例，并配置硬件参数。
编写C程序：
编写C代码，并通过Nios II IDE编译生成.elf文件。
烧录到FPGA内部：
通过Quartus的Programmer界面进行烧录，烧录完成后程序会自动开始运行。
方法二：烧录到FPGA外部的EPCS（外部Flash）
配置EPCS：
在Quartus中添加EPCS IP核，并配置CPU的reset vector和异常向量。
生成烧录文件：
将.sof和.elf文件转化为flash文件，再转化为Hex文件，最后转化为jic文件。
烧录到EPCS：
使用Quartus自带的烧写工具进行烧录，等待烧录完成并验证设备内容。
建议
烧录到FPGA内部适用于程序开发的调试阶段，因为烧录速度快且程序掉电后不消失。
烧录到EPCS适用于需要程序长期保存的应用场景，因为掉电后程序仍然存在，并且复位按钮可以起作用。
根据具体需求选择合适的烧录方法，可以确保程序的稳定性和可维护性。