当程序员不在岗时，处理退工的步骤如下：
确认不在岗原因
首先需要确认程序员不在岗的具体原因。是否是因为病假、合法医疗期、离职、或者其他原因如旷工等。
依据相关法律和公司政策处理
病假或合法医疗期：如果程序员因病假或合法医疗期不在岗，用人单位应依法支付病假工资，并继续缴纳社保，不得非法解除劳动关系。
旷工：如果程序员没有履行请假手续，构成旷工，用人单位可以依据公司规章制度进行处理。通常情况下，旷工满一周后，用人单位应联系员工确认其态度，协商解除劳动合同。如果联系不到员工，可以通过挂号信形式寄送解除劳动通知书，并在一定期限内若员工未回复，则默认自动离职。
离职：如果程序员已经离职，用人单位应按照《劳动合同法》的规定，通知员工回公司办理离职手续，并在规定时间内办理档案和社会保险关系转移手续。
履行通知义务
无论是何种原因，用人单位都应履行通知义务，确保员工知晓其不在岗的状态及后续处理方式。可以通过邮件、电话或书面通知等方式进行。
处理后续事宜
在解除劳动合同时，用人单位应出具解除或终止劳动合同的证明，并在规定时间内为员工办理档案和社会保险关系转移手续。
如果员工旷工或违反公司规定，用人单位可以依据劳动合同法的相关规定解除劳动合同，但需确保解除过程的合法性和合理性。
记录和备案
用人单位应对已经解除或终止的劳动合同文本保存至少二年备查，以便在可能出现的劳动纠纷中作为证据使用。
建议用人单位在处理程序员不在岗的退工事宜时，应严格按照《劳动合同法》和公司规章制度进行操作，确保合法合规，避免引发不必要的劳动纠纷。