宅基地纠纷的法律程序主要包括以下几个步骤：
协商
争议双方首先可以尝试通过协商的方式解决纠纷。协商应建立在自愿、平等、真实的基础上，并且内容不能违法或违反社会公德。
调解
如果协商未能达成一致，可以向政府相关部门寻求帮助。首先向所在乡镇政府或土地管理部门提交书面申请，并附上相关证明材料，如土地使用权证明、原宅基地分配文件、房屋所有权证等。申请提交后，相关部门会在15个工作日内决定是否受理。若受理，将启动调解程序。
调解可以由人民调解委员会进行，如果调解不成功或双方对调解协议反悔，可以向人民法院提起民事诉讼。
行政裁决
如果调解未能解决纠纷，当事人可以向有关人民政府申请行政裁决。人民政府或土地主管部门在接到申请后，会在7个工作日内进行书面审查，并进行调查处理。调查处理后，政府或宅基地主管理部门会提出调查处理意见，并在5个工作日内报上级或同级人民政府作出处理决定。
行政复议或行政诉讼
对于宅基地非权属争议纠纷的处理，如宅基地侵权、宅基地违法或其他宅基地纠纷，不牵涉宅基地确权问题的，争议双方可以直接向人民法院起诉。对于处理不服的，可以申请行政复议或向人民法院起诉。
法院审理
提起诉讼前，需准备起诉状，详细阐述纷争的事实和依据，并附上相关证据。法院在受理案件后，将进行证据交换和听证，并最终做出判决。判决生效后，双方应履行判决。
审批流程
农村村民申请宅基地一般履行以下程序：农户提出申请，村民会议讨论公示，村级组织审核，乡（镇）人民政府批准，并发放宅基地批准书。具体流程包括农户申请、村民小组会讨论通过并公示、村级组织开展材料审核、乡镇部门审查、乡镇政府审批、发放宅基地批准书等环节。
建议：
在整个过程中，保留好所有相关证据，如地契、建设许可、证人证言等，以便在需要时提供。
如果纠纷情况复杂，建议咨询专业律师，以获得更专业的法律帮助。