税务程序违章的处理方式主要包括以下几种：
简易程序
对于公民个人处以50元以下罚款，对法人和其他组织处以1000元以下罚款的情况，税务机关可以当场作出行政处罚决定，并告知当事人事实、理由及依据，同时告知当事人依法享有的权利。
一般程序
税务违法违章处理流程通常包括立案、调查和处理三个步骤。立案针对较为严重的违章行为，调查由专门人员进行，核实材料，查清事实。处理阶段，税务机关根据调查结果依法作出处理决定，包括填写《税务违章处理通知书》通知违章者执行，对于未按时缴纳税款、滞纳金、罚款的违章者，会发出《催缴税款通知书》。
税务行政处罚
根据《中华人民共和国税收征收管理法》，纳税人存在未按规定期限申报办理税务登记、变更或注销登记等行为的，税务机关可责令限期改正，并根据情节轻重处以罚款。
其他处理措施
包括加收滞纳金、通知银行扣缴入库、吊销税务登记证、收回税务机关发放的票证、提请工商行政管理部门吊销营业执照等。
刑事责任
对于情节严重的税务违章行为，如偷税漏税，涉及刑事犯罪的，税务机关将移送司法机关依法追究刑事责任。
申诫罚
对于情节轻微，未造成严重社会危害的违法行为，可以适用申诫罚，包括提出谴责、警告等措施。
财产罚
财产罚包括罚款、没收非法所得、没收非法财产等。
电子税务局平台处理
纳税人可以通过电子税务局平台查看逾期申报信息，并完成相关申报和处罚流程。
建议纳税人在面对税务程序违章时，及时登录电子税务局平台或联系主管税务机关，了解具体的处理流程和所需材料，确保按照法定程序配合税务机关的调查和处理，以维护自身合法权益。