事实婚姻的离婚方式主要有以下几种：
协议离婚
补办结婚登记：双方当事人可以先补办结婚登记，然后共同签订离婚协议，到婚姻登记机关办理离婚登记，经过三十天冷静期后，领取离婚证。
协商解除同居关系：如果双方无法继续生活在一起，可以协商解除同居关系，并就子女抚养和财产分割问题进行协商。如果协商不成，可以起诉到法院。
诉讼离婚
起诉到法院：如果双方无法通过协议离婚，或者一方不愿意解除同居关系，可以向法院起诉离婚。法院会先进行调解，如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
提供证据：在诉讼过程中，双方需要提供证据证明婚姻关系、子女抚养和财产分割等问题。法院会根据实际情况进行判决。
建议
补办结婚登记：如果双方条件允许，建议先补办结婚登记，然后通过协议离婚的方式解除婚姻关系，这样可以避免一些法律上的复杂性。
协商优先：在无法协议离婚的情况下，尽量通过协商解决子女抚养和财产分割问题，如果协商成功，可以避免长时间的诉讼过程。
法律咨询：在离婚过程中，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。