三峡工程，作为人类历史上规模最大的水利工程之一，其建设和运营确实伴随着一系列的环境、社会和经济影响。以下是一些主要的严重后果：
生态环境恶化
上游生态破坏：三峡工程导致上游河段生态系统的破坏，降低了长江的自净能力，加重了污染问题。
水生生物影响：蓄水淹没了一些城镇和生态系统，影响鱼类和其他水生生物的栖息地和洄游通道，导致一些珍稀和濒危物种面临灭绝的风险。
泥沙淤积：三峡水库的淤积问题严重，主要表现为砾卵石的堆积，可能导致航道堵塞，影响航运和泄水建筑物的正常运行。
地质灾害
地震风险：三峡工程位于地壳断裂带附近，可能诱发地震，增加地质灾害的风险。
滑坡和岩崩：蓄水后，库区周围可能发生新的滑坡和岩崩等地质灾害。
气候变化
局部气候变化：三峡工程可能改变局部水汽循环，导致一些地方气候出现微小变化，如降雨量减少、气温变化等。
水资源分配矛盾
流域水资源分配：三峡工程可能导致流域内水资源分配矛盾增加，影响下游地区的水资源利用。
环境污染
水污染：水库蓄水后，可能导致水质恶化，引发传染病和水体污染问题。
土壤盐碱化：泥沙淤积和库区消落带问题可能导致土壤盐碱化，影响农业生产。
移民问题
移民安置：三峡工程导致大量人口迁移，可能引发社会不稳定和移民安置问题。
经济影响
经济损失：三峡工程的经济效益可能因环境破坏和其他问题而受到影响，甚至可能引发经济破产。
航运成本：虽然三峡工程提高了航运的便利性，但也可能导致航运成本上升。
公共卫生
血吸虫病蔓延：三峡库区可能成为血吸虫病的传播区域，影响当地居民的健康。
文化遗产损失
文物搬迁：三峡工程导致大量文物需要搬迁，部分文物在搬迁过程中可能遭到损坏。
其他问题
大坝安全：存在溃堤的可能，一旦河床抬高到比两边的河道都要高，溃堤的情况就会出现，对两岸百姓的生命财产造成严重威胁。
库容缩水：防洪与调控功能面临考验，库区水位调控的空间逐年缩小，影响了三峡大坝在洪峰到来时削减洪水流量的能力。
综上所述，三峡工程虽然带来了显著的经济和社会效益，但其对生态环境、地质灾害、水资源分配、环境污染、移民安置等方面的负面影响也不容忽视。这些后果需要在未来的管理和运营中予以重视和解决。