卫哲离开阿里巴巴的原因主要是 引咎辞职。在2010年，阿里巴巴清理了约0.8%逾千名涉嫌欺诈的“中国供应商”客户，公司CEO卫哲和COO李旭晖因此承担责任并引咎辞职。此外，也有观点认为，卫哲的离开不仅仅是因为他个人的原因，还涉及到B2C大环境、国人做销售急功近利以及马云的决策错误等多个因素。
卫哲在一份媒体声明中表示，为上述事件进行公开道歉，并提到“正是基于对客户第一的使命感，和阿里人为了组织健康的责任感，我才提出辞职申请”。
综上所述，卫哲离开阿里巴巴的主要原因是他在2010年阿里巴巴B2B部门爆发的“中国供应商”欺诈事件中的领导责任，以及他在处理这一事件上的态度和决策。