检察院办理刑事案件的程序主要包括以下几个阶段：
立案阶段
公安机关或人民检察院发现犯罪事实或犯罪嫌疑人，应当按照管辖范围立案侦查。
侦查阶段
公安机关负责侦查，侦查终结后应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
人民检察院在侦查中可以使用拘传、取保候审、监视居住、拘留、逮捕等强制措施。
审查起诉阶段
人民检察院接到案件后，将对现有的案件材料是否符合起诉条件进行审查。
人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，并按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。
审判阶段
人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。
人民法院对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有证据目录、证人名单和主要证据复印件或者照片的，应当决定开庭审判。
申诉阶段
刑事案件有权申诉的情形包括：采取强制措施法定期限届满，不予以释放、解除或者变更的；应当退还取保候审保证金不退还的；对与案件无关的财物采取查封、扣押、冻结措施的；应当解除查封、扣押、冻结不解除的；贪污、挪用、私分、调换、违反规定使用查封、扣押、冻结的财物的。
特别程序
对于未成年人刑事案件，人民检察院应当依据《未成年人保护法》和《刑事诉讼法》的相关规定办理。
这些程序确保了检察院在办理刑事案件时的规范性和公正性，保障了犯罪嫌疑人的合法权益，并维护了司法的权威。