科员和副主任科员在公务员体系中属于不同的职务级别，具有以下主要区别：
行政级别
科员：指尚无职务的公务员，属于初级职务级别。
副主任科员：指在非领导岗位任职的副科级干部，虽然行政级别与副科级相同，但它不是领导职务，而是非领导职务。
职务性质
科员：在科室中不担任领导角色，实际所拥有的权利较少，主要负责具体的事务性工作。
副主任科员：虽然职务名称中带有“副科”，但它并不是副科长，不享有正科级的实权，但在某些方面可以享有副科级的待遇。
晋升途径
科员：通常通过工作年限的积累（俗称“熬年头”）和竞聘等方式晋升为副主任科员。
副主任科员：可以通过竞聘等方式晋升为主任科员，虽然职务名称中带有“正科”，但它并不是正科长，而是非领导职务。
工资待遇
科员：岗位工资相对较低，通常按照科员的标准发放。
副主任科员：岗位工资与副科长相同，享受副科级的工资待遇，但在某些福利和奖金方面可能会有所不同。
总结：
科员和副主任科员在公务员体系中分别承担不同的职责和待遇。科员主要负责具体事务性工作，而副主任科员虽然行政级别与副科级相同，但作为非领导职务，不享有正科级的实权。两者在工资待遇上也有所不同，副主任科员的岗位工资与副科长相同，但在某些福利和奖金方面可能会有所区别。