鉴别南红和玛瑙可以从以下几个方面入手：
颜色
南红：颜色由众多细小的红点（朱砂点）组成，表面是点点星星的，具有独特的色泽组成结构。常见的颜色有甘肃的柿子黄（橙红）、大红、粉，以及不常见的紫红等。南红的颜色通常较为自然、温润，具有活性感，纯正厚重，且颜色层次丰富。
玛瑙：颜色丰富多彩，但没有南红那样的深厚感。常见的纹路有红白缠丝纹等，但市面上的南红成品很少有这种纹路。
质感
南红：质地细腻且温润，具有独特的胶质感和玉石般的温润细腻。把玩后会有很强的变化感和油性。
玛瑙：质地较粗糙，缺乏南红那样的温润感。多为玻璃质感，与南红相比，把玩效果较差。
透明度
南红：具有一定的透明度，能够透过光线看到内部的纹理和色彩。优质的南红玛瑙应具有一定的透明度，同时呈现出油润的光泽。
玛瑙：透明度因种类而异，但一般不如南红透明，且多数为半透明或不透明。
纹理
南红：纹理清晰且自然，常见的有火焰纹、水线纹等。真品的纹理是天然形成的，每一颗都有其独特性。
玛瑙：纹理变化多端，常见的有红白缠丝纹等，但市面上的南红成品很少有这种纹路。
硬度
南红：硬度较高，摩氏硬度在7-7.5级左右。用硬物划过表面不易留下痕迹。
玛瑙：硬度因种类而异，但一般低于南红。
特殊结构
南红：用强光照射，可以看到其内部有许多细小的朱砂点，这是南红玛瑙的特征之一。
玛瑙：内部结构多为均匀的，没有南红那样的朱砂点结构。
声音
南红：轻轻敲击，真品发出的声音清脆悦耳。
玛瑙：声音相对沉闷。
其他方法
观色：真南红玛瑙的颜色自然、鲜艳且均匀，具有活性感，而假冒品的颜色可能过于鲜艳、刺眼，或颜色单一，没有深浅变化。
摸质感：真南红玛瑙具有胶质感，而假南红则往往质地粗糙，缺乏这种温润感。
看纹理：真南红玛瑙的纹理自然流畅，多呈条带状或云雾状，而假南红的纹理往往模糊、呆板，缺乏层次感。
检查物理性质：真南红玛瑙的密度较大，手感沉重，而假南红可能使用轻质材料制成，手感较轻。
通过以上方法，可以较为准确地鉴别南红和玛瑙的真伪。建议在购买时选择信誉良好的商家，并尽量选择有权威鉴定证书的南红玛瑙。