南京亲子游三天两晚的路线推荐如下：
第一天：历史文化之旅
上午：
中山陵：首站来到中山陵，在导游的解说下，孩子们可以了解孙中山先生的伟大事迹，感受中山陵的庄严肃穆。之后，前往音乐台，欣赏美丽的鸽群，让孩子们在轻松愉快的氛围中感受大自然的和谐。
中午：
南京特色美食：品尝南京地道的特色美食，如盐水鸭、鸭血粉丝汤等，让孩子们在品味美食的同时，感受南京的独特韵味。
下午：
南京博物院与江南贡院：餐后，前往南京博物院，这里收藏了丰富的历史文物，孩子们可以观赏文物，了解南京的历史文化。接着，前往江南贡院，让孩子们了解古代科举制度，感受古代学子的求学之路。
晚上：
夫子庙秦淮河风光带：傍晚时分，抵达夫子庙秦淮河风光带，漫步在古色古香的街道上，欣赏夫子庙的夜景，感受南京的夜生活。
第二天：自然与亲子时光
上午：
红山森林动物园：来到这里，孩子们可以近距离观察各种动物的生活习性，增长见识。同时，小田会为孩子们讲解动物知识，让他们在游玩的同时，学到更多有趣的知识。
中午：
南京特色午餐：品尝南京特色的快餐美食，让孩子们在轻松愉快的氛围中享受美食。
下午：
紫金山与玄武湖：餐后，前往紫金山，进行一场自然探险。玄武湖则是亲近自然、放松身心的好去处，湖边还设有丰富的娱乐设施，如游乐园、动物园等。
晚上：
老门东：晚上可以逛一逛老门东，这里的小巷深深，藏着南京的烟火气，适合全家人共享美好时光。
第三天：宗教与文化的体验
上午：
鸡鸣寺：作为南京最古老的寺庙之一，鸡鸣寺拥有悠久的历史和深厚的佛教文化底蕴。带孩子来到这里，可以欣赏精美的建筑，了解佛教的基本教义，感受中国传统文化的魅力。
中午：
夫子庙美食：在夫子庙品尝当地的小吃美食，如小笼包、糖葫芦等。
下午：
玄武湖：在玄武湖畔继续游玩，可以乘船游湖，享受湖光山色，放松身心。
晚上：
夫子庙秦淮河夜游：如果时间允许，可以选择在晚上再次游览夫子庙秦淮河，欣赏夜景，体验不一样的南京夜生活。
交通建议
红山动物园：1号线红山动物园站
夫子庙：3号线夫子庙站
中山陵风景区：2号线苜蓿园站
鸡鸣寺：3号线鸡鸣寺站
玄武湖：鸡鸣寺步行几分钟，老门东：3号线玄定门站
其他建议
穿着舒适：建议穿舒适的鞋子，因为会有较多的步行和户外活动。
提前预约：中山陵需要提前预约，建议提前安排行程。
注意事项：老门东门口的小丑和孙悟空合影可能会有额外费用，建议提前了解并做好准备。
希望这份攻略能帮助您和家人在南京度过一个愉快的亲子游!