马琳被国乒除名的主要原因是一场退赛风波。具体来说，2017年6月底，刘国梁因为国乒扁平化改革不再出任国乒总教练职位，这一变动引起了广泛的情绪反弹。不久后，在成都举办的中国乒乓球公开赛中，以秦志戬和马琳为首的教练团队，以及马龙、许昕和樊振东等球员，通过退赛及在社交媒体上明确表示对刘国梁的支持，展现了一种团结精神。然而，这种行动被视为触碰了体育政治的敏感线，导致了重大的后续影响。事件之后，所有参与者都面临了相应的纪律处分，马琳因此逐步被边缘化，直至退出国家队教练层。
此外，马琳的执教生涯也受到了这次事件的影响，他在2018年春节过后正式被国乒除名，此后的瑞典世乒赛封闭集训紧缺教练的时候也没能用到他。尽管如此，马琳在乒乓球界的影响力依然深远，他后来与茅台酒合作代言并打造了一款以自己名字命名的白酒，叫做“琳酱酒”。