注释和参考文献在多个方面存在明显的区别：
定义
注释：是对文中某一段文字进行解释、说明或补充的文字，旨在帮助读者更好地理解文本内容。
参考文献：是列出文中所引用的资料的详细信息，包括作者、书名、出版社、出版年份等，方便读者查阅。
位置
注释：通常位于文中相应的位置，与文本内容直接相关。
参考文献：则通常位于文末，不直接出现在文本中。
作用
注释：的作用是解释、说明或补充文本内容，以便读者更好地理解。
参考文献：的作用则是列出所引用资料的详细信息，方便读者查阅相关资料。
格式
注释：的格式通常为脚注或尾注的形式，可以直接出现在文本中。
参考文献：的格式则通常为一定的规范格式，例如 APA、MLA 等，需要按照规范进行排版。
内容
注释：可以包括对某个概念的含义的解释、实验细节的补充等，以帮助读者更好地理解文本内容。
参考文献：则是列出在论文写作过程中参考过的所有文献，包括专著、期刊文章、报告等。
分类
注释：在中国古代分得较细，包括注、释、传、笺、疏、章句等，内容广泛，如字词音义、时间地点、人物事迹等。
参考文献：类型多样，如专著（M）、论文集（C）、报纸文章（N）、期刊文章（J）、学位论文（D）等。
总结：
注释和参考文献在学术论文中分别承担着不同的功能。注释主要用于对文本内容进行解释和补充，帮助读者更好地理解，而参考文献则提供了引用的详细来源信息，便于读者进一步查阅和验证。两者在定义、位置、作用、格式、内容和分类上均有明显的区别。