甲申之乱的真相涉及多个方面，以下是一些关键点：
张怀义与天师度
张怀义对天师度的好奇心驱使他与无根生联合三十六贼破译了天师度的符文。他们发现天师度符文中的内容实际上就是人们追求的修仙之道，通过窥探其中一丝一毫的奥妙，可以帮助人领悟到现有的所有技能的顶端。张怀义和无根生以及三十六贼破解出了天师度符文中的秘密，得出一个结论：把符文刻在一个人身上，把这个人化作天师度的容器，或者说化身成一个人形的天师度。
禁制术与八奇技
甲申之乱的八人被施加了超常的“禁制术”，由于术的原因，自己说不出去，说出去了，自己触发“禁制术”死亡，听者连带中术。因此，虽然很多人知道甲申之乱，却没有一个人可以透露真相。张怀义提供了天师度的内容，他确实是引起甲申之乱的罪魁祸首。
长生不老与飞升之法
一种说法是甲申之乱的真相与长生不老有关。无根生最开始这么做的缘故，是想找到起死回生的方法复活妻子，至于成功与否，大家不得而知。冯宝宝被认为是试验品，所以不老不死且有强大的自愈能力。另一种说法是甲申之乱与飞升之法有关。天师度可以世代传承下来，上一代天师传给下一代天师，能力、知识、记忆和炁都可以继承。漫画有过暗示，张道陵最后是飞升了。
三十六贼与八奇技
张怀义和无根生召集志同道合的三十来个人结义，组成“三十六贼”，其中八个人通过天师度的内容悟出八奇技，引起异人界的纷争，引来杀身之祸。
冯宝宝的身世
冯宝宝的身世是甲申的一部分，这可能意味着冯宝宝的身份与甲申事件有着紧密联系。解开冯宝宝身世之谜可能有助于揭示整个事件的真相。当年叛徒的身份，也可能随着宝姐身世的揭开而揭开，毕竟冯宝宝和无根生存在着莫大的关联。
综上所述，甲申之乱的真相是多方面的，涉及天师度、禁制术、修仙之道、长生不老、飞升之法以及三十六贼和冯宝宝的身世等多个层面。