尼斯湖水怪的真相至今仍未被科学界完全揭示，但有几种主要的理论和解释：
光学错觉和自然现象：
尼斯湖的环境非常适合产生光学错觉。湖面经常被大雾笼罩，水面的清澈度不高，这些因素都可能导致人们把普通的生物或自然现象误认为是水怪。此外，湖中的鱼类、浮木或波浪也可能造成类似的错觉。
已知生物的误认：
一些被认为是水怪的模糊影像，其实只是湖中的鱼类、浮木或者波浪造成的错觉。尼斯湖水怪的描述多种多样，但通常被描述为颈部长、身体长而有鳞片、颜色多为深绿或黑色的生物，这些特征与湖中的某些动物如天鹅、鸬鹚或秋沙鸭相符。
巨型鳗鱼：
2018年至2019年，新西兰奥塔哥大学组织的国际科考队对尼斯湖进行了研究，从尼斯湖不同深度的水域提取了超过250份样品，通过分析环境DNA样本，研究团队认为传说中的尼斯湖水怪有可能是巨型鳗鱼。尽管湖水存在巨型鳗鱼的说法流传了数十年，但至今从未有人成功从尼斯湖捕获过任何这类巨鳗，因此这一解释尚未得到确凿证据的支持。
未知的大型生物种群：
虽然目前还没有确凿的证据证明尼斯湖中存在未知的大型生物种群，但科学家们正在对尼斯湖进行更深入的研究，希望能发现新的物种。
恶作剧或误解：
一些目击者后来承认他们的报告是恶作剧或误认其他动物为水怪。此外，光学幻象和天气条件也可能导致了虚假的水怪目击。
综上所述，尽管尼斯湖水怪的传说吸引了无数人的关注和好奇，但科学调查和证据表明，尼斯湖水怪可能是虚构或误解的产物。尽管如此，尼斯湖水怪的神秘故事仍然激发了人们不断探索和研究的兴趣。